在处理多种制药废水的过程中，我们得知每种废水都有其独特性，成分、水量、浓度和排放标准各不相同，因此无法直接复制别的企业的处理方法。
制药废水的特点在于其复杂组成、水质波动、含有有毒物质以及较高的有机质含量。由于这些特性，单一的废污水处理方法往往难以满足排放标准。因此，许多成功的处理案例都是通过结合不同的方法来实现的。例如，首先采用物理化学法进行预处理，以降解高浓度的有机质和有毒物质，提高废水的可生化性，并去除影响生化处理的因素，接着进行生物处理和深度处理。
在某化学类制药废污水处理项目中，进水COD浓度超过30000mg/L，B/C比值较低，还含有两股盐浓度较高的废水。因此，处理站采用了微电解、蒸发结晶、絮凝沉淀等物化处理工艺，解决了可生化性差、有机浓度高、盐类污染物多等问题，确保了生物处理工艺的稳定运行。物化处理后，COD浓度降低，B/C值提高至0.43，接着进行生物处理，最终出水COD浓度低于300mg/L，达到排放标准。
对于中类制药废水，其特点是有机浓度高、悬浮物浓度高以及色度深，需要采用格栅、沉淀池、混凝反应、气浮装置等物化处理工艺，先对悬浮物做处理，以免影响设备和后续生化处理工艺。一般通过此物化处理工艺，可以去除99%的悬浮物，并去除一部分有机物，出水较为清澈。后续的生物处理工艺延续了厌氧+好氧的组合，某中药类制药废污水处理项目（600m3/d）采用了两个UASB反应器+多级生物接触氧化池，出水COD浓度达到排放标准。
其他类型的制药废水，如生物类制药废水，含有不同的污染物，因此处理方法也不同。生物制药废水中的废滤液、废母液等难以处理，COD值通常在10000mg/L以上，含有难以降解的微生物，如残余抗生素等物质。某生物制药废污水处理项目与化学类制药废污水处理项目的处理工艺类似，都是通过消除废水生化抑制影响的预处理、厌氧生化（包括厌氧水解或厌氧消化）、好氧生化、废水深度处理的方式来进行处理。该案例的生物制药废水进水COD浓度在6000mg/L，氨氮浓度在200mg/L，出水COD浓度低于60mg/L，氨氮浓度低于5mg/L，达到排放标准。
总的来说，制药废污水处理方式是以预处理+生化处理+深度处理进行，其中厌氧生物处理法发挥着及其重要的作用，不但可以去除很大一部分的有机物，还能对难降解有机物、大分子有机物等有去除效果，提高了废水的可生化性。
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